Thành phần tham gia đông nhất vào các hội kín Nam Kỳ là nông dân và dân nghèo thành thị đang ở tuổi khỏe mạnh [4]. Theo nhà văn Sơn Nam thì đa số đều là người Việt, người Hoa kiều đóng vai phụ, thường là giữ chức vụ coi sóc nghi lễ trong hội mà thôi [5]

Về tư tưởng triết lý, hội kín khá phức tạp, bởi gồm cả Nho giáo, Phật giáo và Đạo giáo. Khi quân Pháp đi xét bắt, thì gặp ở nhiều nhà bài Phú hoài cổ nói là của nhà giáo Võ Trường Toản. Đây là một tác phẩm đề cao trung hiếu và tư tưởng "xả thân thủ nghĩa".

Về bùa chú, các hội viên tin rằng nó có thể tăng thêm sức mạnh và giúp họ tránh được mọi hiểm nguy khi lâm trận. Theo sách Đại cương Lịch sử Việt Nam (Tập 2) thì tôn giáo và phương thuật (phép lạ của các đạo sĩ) giữ vai trò quan trọng trong việc tuyên truyền, vận động và tổ chức hội [6]. Tuy vậy, trong hàng ngũ của nhiều hội kín, không có thầy pháp. Và mặc dù hay dựa vào các chùa, nhưng trong hàng ngũ của họ cũng không có các nhà sư [7].

Các hội kín hoạt động độc lập, không có một hệ thống chỉ huy chung, tuy nhiên tất cả đều suy tôn Phan Xích Long (Phan Phát Sanh) làm Hoàng đế. Mỗi hội đều có một Hội chủ (gọi là Ông chủ). Hội chủ thường chia hội viên ra từng nhóm nhỏ (khoảng vài chục người) gọi là "kèo"[8]. Giữa các "kèo" không được biết nhau, khi cần gặp nhau hội viên phải dùng ngôn ngữ và dấu hiệu do Hội chủ quy định.

Khi so sánh với tổ chức Thiên Địa hội Trung Quốc, GS. Trần Văn Giàu còn nêu ra mấy ý như sau:

• Tuy cũng uống máu ăn thề, nguyện tuyệt đối trung thành với nhau, với hội và qua thử thách xem có đủ can đảm không, song trong hội kín Nam Kỳ không hề có đẳng cấp với tính chất phong kiến và tôn giáo như trong Thiên Địa hội Trung Quốc.
• Về tổ chức, hội kín Nam Kỳ cũng đơn giản hơn nhiều, vì tính chất bình đẳng, huynh đệ lại là cơ bản.

Và cũng theo giáo sư Giàu, gọi những tổ chức bí mật này là Thiên Địa hội là sai. Bởi đây không phải như là biến dạng của những tổ chức Thiên Địa hội chống Thanh của miền Nam Trung Quốc [7].

Còn nhà văn Sơn Nam thì cũng nói rõ rằng đây là phong trào do người Việt nắm giữ đường lối chính trị, nhưng mô phỏng theo cách tổ chức Thiên Địa hội Trung Quốc (nhóm Hồng Thuận đường ở Quảng Đông), áp dụng cụ thể trong hoàn cảnh Nam Kỳ, nhằm mục đích Cần Vương [9].